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這31所副部級高校按照批次不同又可分為三級，其中1992年第一批副部級高校有14所，包括北京大學、清華大學、中國農業大學、中國人民大學、北京師范大學、北京理工大學、北京航空航天大學、哈爾濱工業大學、中國科學技術大學、北京醫科大學、復旦大學、上海交通大學、西安交通大學、西北工業大學，這14所高校基本覆蓋了各領域的龍頭高校。

2000年新增的7所綜合性大學雖然也表現不俗，但并不是各自領域的佼佼者，所以第一批沒有入選。2003年新增的11所副部級高校是第三批貝語網校，在國內知名度不高，還處于打醬油的水平。很多高校都是合并的，這一批高校中最著名的合并就是“山川集”，可以說是大而不強！當然，第一批、第二批高校中也有很多合并，實現了強強聯合。39所985高校中，有26所有過合并的歷史，尤其是2000年北京大學和北京醫科大學的合并，影響最為廣泛！這是一個風向標事件，直接導致我國著名的醫學院校紛紛成為綜合性大學的一部分，也引發了省屬高校紛紛效仿。比如鄭州大學合并河南醫科大學、鄭州工業大學。

2000年，北京大學與北京醫科大學合并，直接減少了1所副部級高校，同年又有數所醫科大學合并。

復旦大學與上海醫科大學合并副部級大學，東南大學與南京鐵道醫學院合并，吉林大學與白求恩醫科大學合并，山東大學與山東醫科大學合并，四川大學與華西醫科大學合并，武漢大學與湖北醫科大學合并，華中科技大學與同濟醫科大學合并，中南大學與湖南醫科大學合并，西安交通大學與西安醫學院合并。這9所醫科大學均于2000年合并。

隨后幾年，更多的醫學院校被合并。2001年，中山大學與中山醫科大學合并。2004年，蘭州大學與蘭州醫學院合并。2005年，上海交通大學與上海第二醫科大學合并。各大知名大學與醫學院校合并副部級大學，實力增強，錄取分數線提高，清華大學也坐不住了。

2006年，清華大學與協和醫學院開始合作辦學，協和醫學院可以使用“協和醫學院—清華大學醫學院”作為第二名稱。實際上，作為當時衛生部直屬的唯一高校，協和醫學院無法真正合并，因此只是一個名稱而已。

其實，醫學院校合并是浙江大學打響了第一槍。1998年，浙江大學、杭州大學、浙江農業大學和浙江醫科大學合并成立了浙江大學。當時，這四所學校已經通過了211預審，也就是說，如果不合并，就是四所211大學。合并之后，他們正在爭取當時的9個985名額，也就是后來所謂的C9大學。浙江大學終于如愿以償了！

而沒有合并的醫學院校最終的發展并不盡如人意，比如中國農業大學和中國人民大學的號召力已經大不如前，哈爾濱工業大學甚至成為了C9高校中的守門人。雖然西安交通大學已經和西安醫科大學合并，但是西安醫科大學的實力比較一般，所以并沒有得到太大的加強，在C9高校中的地位也僅僅比哈爾濱工業大學略高一點而已！

當然，影響高校實力的因素有很多，但知名醫科大學的加入，絕對是學校實力倍增的最強保障！所以，三十一所副部屬高校的實力，已經不能按批次排列了，尤其是第一批和第二批的分界，已經漸漸模糊起來！

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